Concernée par les droits des femmes noires lesbiennes en Afrique du Sud, Muholi est un membre actif de la communauté LGBTI. En 2002, elle a cofondé le Forum for the Empowerment of Women (FEW), une organisation basée à Gauteng qui se consacre à l’accueil des femmes noires lesbiennes. Muholi a suivi un cours au Market Photo Workshop en 2003. Puis, dans le cadre de son master en médias documentaires à l’université Ryerson de Toronto, elle a rédigé une thèse qui retrace l’histoire visuelle de l’identité et de la politique relatives aux femmes noires lesbiennes dans l’Afrique du Sud de l’après-apartheid entre 2007 et 2009. Elle a ensuite reçu une mention Fanny Ann Eddy de l’IRN-Afrique pour sa contribution à l’étude et à la défense des sexualités en Afrique. Elle est aussi lauréate du prix des Rencontres de Bamako, Casa Africa, récompensant la meilleure photographe féminine en Afrique. Son travail a fait l’objet de deux monographies : Only Half the Picture (La moitié de l’image seulement), 2006, et Faces & Phases (Visages et phases), 2010.