Grande voyageuse, elle est passionnée par l’Afrique dont ses photographies feront l’objet de deux ouvrages : Sur les traces de l’Afrique fantôme, sur les traces de Michel Leiris, et Secrètes, dans l’intimité des femmes africaines, publiés respectivement en 1990 aux Éditions Maeght et en 1996 aux Éditions Actes Sud.
En 1998, elle expose À l’Extrême à la Maison Européenne de la Photographie, travail de plusieurs années dans le Kwazulu-Natal en Afrique du Sud.
En 1991, elle découvre les photographes Seydou Keita et Malick Sidibé (lauréat du Prix international de photographie en 2003) et contribue à faire connaître leur œuvre, puis crée les premières Rencontres Africaines  de photographie à Bamako en 1994.
Lauréate de la Villa Médicis hors les murs pour Sur les traces de l’Afrique fantôme, elle reçoit à nouveau cette distinction en 1993 pour son livre En route pour Behring aux Éditions Maeght, journal de bord d’un voyage solitaire en Sibérie. Ce travail lui vaut un prix au World Press cette même année. Puis elle décide de passer plusieurs années à Saint-Pétersbourg où elle tourne un film en 2007 sur un appartement communautaire, un huis clos, et réalise Kommunalka, édité par Actes Sud en 2008.
En 2006, elle retourne sur les traces de son enfance de prisonnière des Viêt-minh au Cambodge et sort un livre intitulé J’avais huit ans (Actes Sud).
Depuis 1983, deux fois par an, elle aime photographier les défilés de haute couture et pénétrer dans les ateliers.
Françoise Huguier est représentée par l’Agence Rapho, Paris.